Khu quần thể hang động sinh thái Tràng An thuộc địa phận các xã Trường Yên, Ninh Xuân, Ninh Hải (huyện Hoa Lư), xã Gia Sinh (huyện Gia Viễn), xã Ninh Nhất, phường Tân Thành (thị xã Ninh Bình), có diện tích hơn 1500 ha được phát hiện cách đây vài năm.
Năm 2001, khu hang động được phát hiện một cách hệ thống nhờ các công trình khảo cứu của các nhà khoa học và người dân bản địa. Đây là địa chỉ du lịch về nguồn hết sức hấp dẫn. Tham quan thuỷ động Tràng An, khách có thể đi theo đường bộ lẫn thường thủy. Tại đây có khoảng 50 động khô và 50 động nước. Các hang động được nối với nhau bởi gần ba chục thung, mỗi thung là một bức tranh thủy mặc, rộng nhất là thung đền Trần (241.600 m2). Các thung đều thông nhau bởi các động xuyên thủy khiến núi non gắn bó, làm nên một dáng vẻ sống động. Những nhũ đá lấp lánh, chảy dài trên vách hang, tạo kỳ quan sinh động. Tên hang, động có từ xa xưa đều gợi những câu chuyện lịch sử thần kỳ: hang Seo Lớn, hang Si, hang Ao Trai, hang Thuốc, hang Sính, hang Nấu Rượu, hang Địa Linh, hang Ba Giọt, hang Sáng, hang Tối, thung Mây, thung Khống... Độ dài của các hang ở đây cộng lại tới gần 20 km.
Trên hành trình tham quan, du khách sẽ dừng chân ở các di tích lịch sử mang dấu ấn các triều đại Đinh - Lê - Lý như: thung Láng (hậu cứ của vua Đinh), đền Trần (thờ Hưng Đạo Đại Vương), phủ Khống (thờ bảy vị quan triều Đinh), chùa Bái Đính, hang Long ẩn, chùa Bàn Long... Trong quá trình khai thác, các nhà khảo cổ đã phát hiện nhiều cổ vật như: đĩa, quả cân, đồ gốm, tiền cổ, tháp thờ Phật, bát sứ, nhạc ngựa... (thuộc niên đại thế kỷ 10). Đặc biệt, các dãy núi nơi đây tồn tại hệ sinh vật đa dạng, phong phú, trong đó có những động vật quý hiếm như: chim phượng hoàng đất, sáo, khướu, khỉ, trăn, đặc biệt là vượn yếm trắng, một loài có tên trong sách đỏ thế giới.
Năm 2001, Ninh Bình đã khoanh vùng bảo vệ và xây dựng Tràng An thành điểm du lịch trọng tâm. Trong quy hoạch phát triển, khu du lịch sinh thái Tràng An có chín lộ trình đường thủy. Trên mỗi lộ trình, du khách sẽ được dừng chân tại các điểm hấp dẫn khác nhau như: vãn cảnh đền, chùa cổ, các di tích lịch sử; nghỉ ngơi, tham quan các đảo sinh thái. Đặc biệt, sẽ có 12 hòn đảo mang tên mười hai con giáp, được xếp theo vòng tròn. Trên các đảo chính là những công viên đẹp, bao quanh khu hang động sẽ là một dòng sông với hệ sinh thái tự nhiên phong phú. Tại đây dự kiến xây dựng một ngôi chùa trên núi Bái Đính (xã Gia Sinh, huyện Gia Viễn). Tương truyền, Thiền sư Nguyễn Minh Không khi đến núi này tìm thuốc đã phát hiện ra động và biến thành nơi thờ Phật. Đây cũng là nơi Vua Quang Trung chọn lập đàn tế trời trước khi tiến quân giải phóng thành Thăng Long. Trong khuôn viên của chùa có đặt ba pho tượng Phật bằng đồng, mỗi pho tượng nặng hơn 50 tấn, cùng với 500 vị La Hán bằng đá tọa trên các ngọn núi.